国連軍が監視する中、湖の向こうの山に煙が立つ。トウジとケンスケが焚いた煙だった。その隙に、マナを檻から救い出そうとするシンジ。囮のために囚われているというマナ。
湖から水柱があがり、ロボットが現れる。ロボットに発射する国連軍。
ミサトが現れ、初号機を起動させることを告げる。暴走したロボットに恐れを成した国連軍は、ネルフに助けを求めにきたのだ。
ロボットを停止し救出するため、出撃するエヴァ３機。ロボットはマナを連れて行こうとするが、エヴァと鉢合わせる。ＮＮ爆雷の準備。
アスカに横っ腹からぶつかるよう指示。ロボットを食い止めるのを最優先させるミサト。碇司令の指示で初号機を撤退させるミサト。
体当たりしようとするアスカに、初号機が割り込む。零号機を抜けて御殿場市へ。ＮＮ爆雷の投下準備。止めようとするシンジだったが、初号機は停止。零号機に初号機を担いで逃げるよう指示。ＮＮ爆雷投下。抱き合うマナとムサシ。
クライマックスシーン
慰めるアスカだったが、シンジは受け付けない。
外に出てマナを探すシンジ。いたら返事してよ、声を掛けるが返事はない。
高熱で溶けたロボットの塊を見つける。しかしシンジは、認めない。「遠くにいるんだよ、誰にも邪魔されない遠くに・・・」
司令と対面するシンジ。シンジよりもエヴァを気遣うゲンドウ。碇をぶちまけるシンジに対し、ゆっくり休めとゲンドウは声を掛ける。
マナと一緒に取った記念写真。トウジやケンスケと共に救命カプセルを探している内に夜になり、たき火をする。トウジと口論になりシンジは殴られる。アスカが授業中シンジのことをずっと見てると、ケンスケが教える。
選択
アスカのことも大切にしないと
加持さんに相談する
マナのことが気になる
→マナのことが気になるを選択する
山を探したから海を探すことに。
海にいた漁師に聞くと、救命カプセルを見つけたという。病院に行くと、マナが居た。ムサシは死んでしまい、マナだけが助かった。
ミサトのマンションに行くことにする。
シャワーを借りるマナ。ココでお待ちかねのサービスカット！
加持に相談するというシンジだったが、ちょうど加持がやってくる。
霧島マナのデータや戸籍を消して、他人になって生きることを提案する加持。
誰も知らない遠くの街に、マナは旅立つことになる。病院では彼のために泣いた。
１人でも良いことはあると告げる。
電車で旅立つ霧島マナ。シンジは静かに見送る。
−完−
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エンディングテーマソング：予感 vo.高橋洋子
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